ارزیابی تنوع ژنتیکی شاه‌بلوط اروپایی Castanea sativa در جوامع مختلف استان گیلان با استفاده از نشانگرهای SSR

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشگاه گیلان

2 عضو هیئت علمی

3 کارشناس بخش ژنومیکس

چکیده

بررسی تنوع ژنتیکی برای شناسایی ژنوتیپ‌های برتر، نخستین گام در هر برنامة پایش و گسترش پایدار کشت گونه‌های گیاهی است. در این پژوهش، تنوع و ساختار ژنتیکی سه جمعیت شاه‌بلوط اروپایی (Castanea sativa Mill.) دربرگیرندة 41 ژنوتیپ در استان گیلان با بهره‌گیری از نشانگرهای SSR بررسی شد. استخراج DNA از برگ‏های جوان به روش CTAB و سپس تکثیر با 14 آغازگر ریزماهواره به روش PCR انجام گرفت. فرآورده‌های تکثیرشده با به‌کار‌گیری ژل‌های پلی‌اکریل‌آمید 6 درصد، الکتروفورز شدند. این 14 آغازگر SSR، 10 آغازگر چندریختی نشان دادند. الگوهای نواری برپایة اندازه‌شان با حرف‌های الفبا امتیازدهی شدند. روی‌هم، 31 آلل چندریخت شناسایی شد. میانگین تعداد آلل‌های دیده‌شده به‌ازای هر جایگاه ژنی 10/3 بود. میانگین هتروزیگوسیتی دیده‌شده و انتظارداشته، به‌ترتیب 542/0 و 556/0 به‌دست آمد. اندازة شاخص FST و جریان ژنی (Nm) به‌ترتیب 174/0 و 18/1 به‌دست آمد که نشان‌دهندة جدایی ژنتیکی زیاد میان منطقه‌هاست. بیشترین فاصلة ژنتیکی، میان جمعیت‌های شفت و شفارود و کمترین آن، میان جمعیت‌های شفارود و فومن بود. دستاوردهای این پژوهش نشان داد که نشانگرهای SSR در شناخت اندازة تنوع ژنتیکی و جداسازی جامعه‌های شاه‌بلوط اروپایی از کارایی فراوانی برخوردارند. همچنین جدایی جغرافیایی و مانع‌های طبیعی و نیز جابه‌جایی بذرها از سوی انسان، در این زمینه بسیار اثرگذارند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Genetic diversity of European chestnut Castanea sativa Mill. in different populations of Guilan Province using SSR markers

نویسنده [English]

  • Shirin Alipoor 1
چکیده [English]

Gilan is one of the rich genetic resources ofsweet chestnut (Castanea sativa Mill.). The study on genetic variation of this gene pool is the first step in breeding programs like introducing new promising cultivars. In this study, the genetic diversity and structure of three C. sativa populations including 41 genotypes in Guilan province was studied using SSR markers. Among fourteen analyzed microsatellites, 10 showed polymorphism. In total, 31 polymorphic alleles were detected. The average of observed alleles was equal to 3.10 in each locus. Expected and observed heterozygosity were 0.542 and 0.556, respectively. The Fst and gene flow value were 0.174 and 1.18, respectively, which indicating the high genetic differentiation between populations. The highest genetic distance was found between Shaft and Shafarud populations and lowest genetic distance was found between Fuman and Shafarud populations. The results of this study showed that SSR markers are of  high performance in determining the amount of genetic diversity and distinction in populations of European chestnut. Geographic separation and natural barriers and transportation of seeds by human are the important factors in this regard.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Gene flow
  • genetic structure
  • Microsatellite
  • Polymorphic